GT SCAN

Nama         : Siti Zahrah Auliaur Rahim

NIM           : 4111171042

Dewasa ini, dengan adanya berbagai macam modifikasi genetik dapat dihasilkan produk mutasi genetik pada tanaman bahkan hewan, seperti buah-buahan tanpa biji atau ikan zebra yang berflueresensi. Lalu, apakah ada teknologi modifikasi genetik yang dapat diaplikasikan pada manusia? Ya. Salah satunya adalah teknologi CRISPR-Cas9 yang bisa mengatasi berbagai penyakit genetik bahkan memodifikasi gen agar memiliki sifat-sifat yang diinginkan. Teknologi ini diciptakan oleh seorang Profesor Kimia Molekul dan Sel Biologi Jennifer Doudna dan rekannya Emmanuelle Charpentier dan telah diuji pada tikus, monyet, serta organisme lainnya.

Apa yang dimaksud dengan CRISPR dan Cas9?

CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) adalah sistem kekebalan adaptif yang ada di dalam sel bakteri yang memungkinkan bakteri untuk mendeteksi DNA virus dan menghancurkannya. Cas9 adalah protein yang menjadi bagian dari CRISPR dan mampu mencari, memotong, serta menurunkan DNA virus dengan cara tertentu.

Bagaimana cara kerja teknologi CRISPR-Cas9?

Pertama, mari kita baca terlebih dahulu mengenai mekanisme sel bakteri saat mendeteksi dan menghancurkan virus. Saat virus menginfeksi sel bakteri, virus menyuntikkan DNA-nya. Nah, sistem CRISPR ini memungkinkan DNA untuk “dipetik” dari virus , dimasukkan ke dalam potongan kecil ke dalam kromosom bakteri, lalu dibuat salinan berupa RNA. RNA tersebut akan “bekerjasama” dengan Cas9 membentuk sebuah kompleks dan mencari DNA yang sekuens-nya sesuai dengan sekuens RNA tersebut di seluruh sel bakteri. Ketika kompleks itu menemukan DNA yang dicari, maka Cas9 akan berperan sebagai gunting untuk memotong DNA virus.

Sebenarnya, sel-sel memiliki kemampuan mendeteksi DNA yang rusak dan memperbaikinya. Jika kita mampu memprogram teknologi CRISPR-Cas9 untuk membuat pemotongan DNA pada posisi di atau dekat mutasi, kita juga bisa memicu sel untuk memperbaikinya. Oleh karena itulah para penemu teknologi CRISPR-Cas9 membayangkan penggunaan teknologi tersebut.

Bagaimana CRISPR membuat kita meng-edit DNA kita

GT Scan

Salah satu tool atau alat yang digunakan untuk teknologi ini adalah GT Scan. GT Scan ini merupakan sebuah alat berbasis web yang fleksibel dan berguna untuk memindai region genomik untuk mencari target kandidat. Yang dimaksud dengan target kandidat disini adalah sekuens DNA yang sesuai dengan target yang diinginkan. Output dari GT Scan ini interaktif. Selain dapat memindai untuk target kandidat, GT Scan juga dapat memeriksa karakteristik dari target yang salah dan me-ranking target sesuai dengan banyaknya kesalahan.

Contoh Output pada GT Scan

Untuk menggunakan GT Scan, pengguna memilih genom yang diinginkan dari menu lalu menyesuaikan genom tersebut ke dalam region genomik untuk mengidentifikasi target yang optimal. Lalu pengguna memilih aturan target atau target rule dan filter target yang salah atau off target-filter.




Referensi :
- https://www.google.co.id/url?sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=1&cad=rja&uact=8&ved=0ahUKEwjot-uZ6JrWAhUJqo8KHfV8BAcQFggnMAA&url=http%3A%2F%2Ffarmasetika.com%2F2017%2F01%2F11%2Fpenemu-crispr-cas9-ungkap-teknologi-edit-dna-yang-bisa-mengubah-segalanya%2F&usg=AFQjCNHstRtdCOJF846-G9V5wBu1FPSsDw
- https://academic.oup.com/bioinformatics/article/30/18/2673/2475622/GT-Scan-identifying-unique-genomic-targets
- https://www.youtube.com/watch?v=TdBAHexVYzc